大豆含有較高的油脂和蛋白，相比其他糧食更不容易儲藏。需要長期儲藏的大豆水分不得超過12.5%的安全水分標準，否則容易霉變。
新入庫的大豆籽粒間水分不均勻，加之后熟作用，呼吸旺盛，大豆堆內濕熱積聚較多。因此，大豆入庫3～4周應及時通風，散濕散熱，以確保儲藏安全。在嚴冬季節將大豆進行冷凍，采用低溫密閉儲藏有利于保持大豆的品質。
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